Pierwsze historyczne wzmianki o Białym Dunajcu datowane są na rok 1564. Wieś została odnotowana wówczas jako nowa, w której mieszkało sześciu kmieci. Jednak dopiero w piętnaście lat później został wydany specjalny akt lokacyjny dla Białego Dunajca (dokładnie 23 lutego 1579 roku). Pierwszym sołtysem wsi został wtedy kmieć Jędrzej Pawlik, sama miejscowość zaś została osadzona na prawie niemieckim. Potomkowie sołtysa wplątali się później w burzliwe dzieje Rzeczypospolitej, między innymi brali udział w wojnach na kresach – głównie z Rosją za czasów Stefana Batorego oraz z Turcją za panowania Zygmunta III Wazy. Za bohaterstwo i wierność w sprawie ojczyzny zostali nobilitowani i otrzymali nazwisko Pawlikowski, pełnili również funkcję sołtysów w rodzinnej miejscowości. Na przestrzeni XVII wieku wieś zaczęła się znacząco rozrastać, jej obszar sięgał nawet wierzchołków Tatr. Tak wielki obszar był zarazem wynikiem zapotrzebowania na większą przestrzeń potrzebną do wypasu owiec. Białodunajczanie utrzymywali się wówczas głównie z hodowli owiec, których liczba pod koniec XVII wieku wynosiła ponad dwa tysiące.
W okresie rozbiorów wieś z rąk Pawlikowskich przeszła we władanie Tomasza Uznańskiego. Miało to miejsce w 1809 roku podczas licytacji wsi oraz okolicznych miejscowości wraz z rozległymi terenami tatrzańskimi. Biały Dunajec należał wówczas do Galicji i znalazł się pod panowaniem Austriackim. Czasy autonomii galicyjskiej w 1865 roku pozwoliły na utworzenie samorządu gminnego na mocy ustawy wydanej przez Sejm Krajowy. Zdecydowano wówczas między inny o tym, że kadencja wójta i rady miała trwać przez okres pięciu lat. W tych czasach ukształtowany został również herb gminy (biała ryba na błękitnym tle ułożona w pozycji horyzontalnej, nad którą umieszczono trzy sześcioramienne złote gwiazdy tworzące wspólnie trójkąt; ryba prawdopodobnie to pstrąg, który często występuje w rzece Biały Dunajec).
Pierwsza szkoła wiejska została założona w prywatnym domu, który był wydzierżawiony na cele oświatowe. Działo się to w 1884 roku, dopiero w pięć lat później miejscowa ludność przystąpiła do budowy w dolnej części wsi nowego szkolnego budynku. Szkole nadano nazwę Kazimierza Wielkiego. W 1910 roku druga szkoła została wybudowana w górnej części wsi i nazwano ją tym razem Świętą Jadwigą Królową Polski. W pierwszym dwudziestoleciu XX wieku powstała także Ochotnicza Straż Pożarna, wybudowana została też fabryka tektury, której turbiny wodne były napędzane wodami rzeki Biały Dunajec, później na rzece powstał także młyn walcowo-turbinowy. W okresie dwudziestolecia międzywojennego zbudowany został ponadto pierwszy kościół oraz została utworzona parafia pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Aniołów. Elektryfikacja wsi miała miejsce dopiero w latach pięćdziesiątych, natomiast w latach dziewięćdziesiątych położona została sieć wodociągów i kanałów, do domów poprowadzone zostały też łącza telefoniczne.
Obecnie Biały Dunajec silnie rozbudowuje się jako miejscowość wypoczynkowa, rekreacyjna i turystyczna z racji bliskiego sąsiedztwa Term Podhalańskich, wybudowanych na granicy Szaflar i Białego Dunajca oraz działających wyciągów narciarskich, zarówno w samej wsi (stacja narciarska „Toko-Land”), jak też i położonym nieopodal Gliczarowie Górnym (stacje narciarskie „Sami Swoi” oraz „U Steni”).